微波主要用于休閑食品的殺菌，如：泡菜類、鹽焗類、魚片、肉干、豆干、五香炸肉等殺菌用。

        微波殺菌原理主要是微波與物料直接相互作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程。微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。從生化角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌正是利用電磁場效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。

        采用微波殺菌設備對休閑食品進行殺菌，殺菌溫度、殺菌時間、產品品質保持、產品保質期及節能方面，較常規的靠熱力殺菌都有明顯的優勢。

        微波殺菌設備特點：
        1、殺菌溫度低。一般殺菌溫度在70—80℃。
        2、殺菌時間短。微波殺菌波設備可快速對食品進行殺菌，約5—10分鐘就可達到殺菌的效果。
        3、殺菌徹底。由于微波可穿透一定厚度的食品，所以微波在對食品進行殺菌時，可內外同時殺菌。
        4、產品品質好、延遲食品的保質期。
        5、保持食品原有的風味及營養。
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