辣椒的根部病害主要有疫病、根腐病、枯萎病和青枯病等，病害發生后會造成辣椒死棵，甚至成片死亡，導致絕收。疫病、根腐病和青枯病是導致辣椒死棵的三種主要病害，要關注辣椒植株情況，及時對病害進行處理。
疫病主要在根莖部發生，病部變黑褐色并腐爛，根莖部縊縮。根腐病發生在根系，根系表皮腐爛，易剝落。青枯病常使木質部變褐，有時根莖中有菌液。三種病都是靠流水傳播，濕度大時發病重。高溫高濕的環境條件非常有利于這三種病害發生。
可用生物菌肥穴施預防，施了生物菌肥后，則不宜用殺菌劑進行灌根，以免將有益菌殺死。辣椒植株發病后，應及時用藥灌根防治。青枯病可用DT500倍液。疫病可用普力克500倍液。根腐病可用多菌靈500倍液混加福美雙500倍液。注意施藥前避免澆水，以免病害蔓延。
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